IE7を使用しているときから、インラインフレーム内のサイトを上下にスクロールできない不具合がありました。
IE8をインストールして解消したかな？と思ったところ、解消せず・・・
調べてみたところ、CSSのoverflow-xの設定に起因しているようです。
overflow-y:scrollで解消できる記事がありましたのでメモしておきます。
CSS絡みだとは思わなかったよ・・・
★2009/07/31 追記
iframe内の横スクロール禁止にoverflow-x: hidden;をCSSへ記述しましたが、これが原因。
結局、横スクロールバーを表示する代りに縦スクロールを生かす形をとりました。
position:absolute;が起因するという記事をみましたが、うちの場合改善しませんでした。