FirefoxのバックアップといえばFEBE、ではthunderbirdの場合は？
探してみた結果、FEBEの作者が開発されたTEBE(Thunderbird Environment Backup Extension)がありました。
開発が2009/01/11で止まっていますが、v3.0.4では問題なく動いていますね。
※バックアップに時間がかかっていますが・・・
Outlook Expressのバックアップも有料サードパーティアプリでなく、デフォルトで付いていればいいんですけどね・・・